MANUEL D'UTILISATION

Accès au cluster

L'accès au Cluster Ibnqonfud de l'Université de Skikda se fait par une connexion SSH :
• Sous windows: utilisez Teraterm ou putty
• Sous linux: utilisez openssh

L'ccès avec la ligne commande via ssh pour un utilisateur de nom utilisateur user est:

ssh Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Compilation des programmes

Les compilateurs par défaut sur Ibnqonfud sont les compilateurs d'Intel : icc et ifort.
Vous pouvez compiler vos programmes (fortran ou C) en utilisant les commandes suivantes :
• En fortran : mpiifort votre_programme.for -o votre_executable
• En C : mpiicc votre_programme.c -o votre_executable
Il est hautement recommandé de tester la dépendance de votre exécutable des bibliothèques mathématiques par la commande: ldd votre_executable

Soumission des jobs (taches)

Le cluster Ibnqonfud utilise l'ordonnanceur slurm .A cet effet, il est recommandé d'écrire un script bash (ou c-shell).

Exemple :
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=R424# Nom de la partition : R424
#SBATCH –nodes=5 # Nombre de noeuds utilisés 5
#SBATCH –ntasks-per-node=20# Nombre de coeurs par neoud : 20(maximum)
#SBATCH –time=00:10:00 # Temps en Jour-heure:minutes:secondes
#SBATCH –mail-type=END, FAIL # Notification par mail du job
#SBATCH –mail-user=votre_mail # adresse mail de l'utilisateur
#SBATCH –error=ibnqonfud.%N.%j.err # Sortie standard pour les erreurs
#SBATCH –output=ibnqonfud.%N.%j.out # Sortie standard des résultats
srun ./Pi_mpi.x

NB: Un job peut être séquentiel , paramétrique, ou parallèle ,pour la documentation , allez sur ce site

Exemple

1. Calcul de Pi en utilisant la méthode de Monté Carlo : (voir le Code source )

2. Compiler le programme par : $ mpiicc -O2 Pi_mpi.c -o Pi_mpi.x

3. Ecrire un fichier batch Pi_mpi.sh pour le lancer dans le cluster :

Le contenu du fichier Pi_mpi.sh est:

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=r424
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=20
#SBATCH -J Pi_mpi
#SBATCH –time=0-00:10:00
#SBATCH --mail-type=end
#SBATCH –mail-user=Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
#SBATCH --error=Pi_mpi.err
#SBATCH --output=Pi_mpi.out
srun ./Pi_mpi.x

4. Soumettre le script à Slurm :

$ sbatch Pi_mpi.sh
Submitted batch job 1900
Slurm donne un numéro à votre job. Dans cet exemple l'identifiant du job est 1900.

Suivi des calculs

• Pour contrôler ses calculs , il faut exécuter :
squeue -u
• Pour annuler une soumission, il faut identifier l’ID du job avec squeue et exécuter
scancel
• Pour afficher les informations détaillées du job :
scontrol show job jobid -dd
• Pour éstimer le temps probable de démarrage d'un job en attente :
scontrol show job | grep StartTime= ou squeue   -o "%S" -j

UCI Ibnqonfud - Université 20 Août 1955 BP 26. Route d'El Hadaiek-Skikda 21000 – Algérie